На 28 февруари 1870 г. е издаден султански ферман за учредяването на самостоятелна българска църковна йерархия под формата на Екзархия, почти независима от Вселенската цариградска гръцка патриаршия. Така се сложил щастлив край на дългогодишната борба на българите за църковна независимост.

На 23 февруари 1871 г. в Екзархийския дом в Ортакьой бил открит тържествено Първия църковно-народен събор, който в продължение на пет месеца решава кардиналните въпроси за дейността на Българската православна църква, като приема Екзархийския устав.

На 19 заседание на църковно-народния събор в Цариград, проведено на 30 април 1871 г. взема следното решение: Като се придава на Варненската епархия – казата Провадия, а на Преславската епархия – казата Ени пазар и всички села освен (тези) на Месемврийска каза, тия две епархии ще се съединят под един архиерей, който ще носи титлата Преславски – Варненски.

На 20 август 1872 г. архимандрит Симеон е ръкоположен за митрополит на Преславска епархия. На 27 август варненци се съгласяват Преславският митрополит да бъде избран и за митрополит за Варненска епархия. По тяхно искане митрополита се нарича Варненско-преславски. За съжаление той получава от турските власти берат за управлението само на Преславска епархия. Непризнаването му за духовен ръководител на Варненска епархия затруднява дейността му.
Това било единственото възможно и правилно решение, което народните дейци вземат, за да се запази целостта на варненска епархия, в която съгласно чл. 10 от фермана не влиза и град Варна и още 20 села между Варна и Кюстенджа край морето. Така учредената епархия обхваща: Варненската околия, Добричка, Балчишка, Манкалийска, Провадийска, Шуменска, Преславска, Ески Джувайска (дн. Търговишка) Османпазарска (дн. Омуртагска) заедно с Котел и селата Медведен, Жеравна, Градец, Ичера и Катунице от Сливенска околия и три села от Разградска. Първоначално епархията има 12360 венчила, които признават Екзархията, съществуват 91 църкви, 5 параклиса, които се обслужват от 102 свещеника, но нито един няма богословско образование.

На 21 октомври 1872 г. след като се изпълняват редица искания на българите от Варна, между които – митрополитът да се нарича Варненско Преславски, в Цариград архимандрит Симеон тържествено е хиротронисан за митрополит на обединената Епархия. За съжаление той получава от турските власти берат за управлението само на Преславска епархия, което затруднява дейността му във Варненска.
На 1 декември 1872 г. той пристига във Варна, където отслужва молебен в църквата Св.Архангел Михаил, след което се отправя за своето седалище в гр. Шумен.

На 25 февруари 1873 г. в Шумен е открит Първия епархийски събор. На него присъстват представители и от двете бивши епархии. Съборът под ръководството на митрополит Симеон взема важни решения укрепването и ръководството на духовенството в новата епархия, събиране средства за изграждане на църкви, пансион и др. След него под ръководството на митрополит Симеон се провежда отново в Шумен от 12 до 16 април 1873 г. учителски събор, който взема важни решения за подобряване на учебното дело и епархиите, като приема устав за селски училища и главните градски училища в епархията и определил техните права и задължения.

След освобождението на България във Варненско-Преславска епархия според административното разпределение на страната от 1880 г. влизат: Варненска, Балчишка, Добричка, Провадийска, Новоселска (Дългополска), Шуменска, Преславска, Ескиджумайска (Търговишка) и Османпазарска (Омурташка) околии. През 1882 г. седалището на Варненско-Преславска епархия се премества от Шумен във Варна. През този период от диоцеза на епархията отпада Манкалска околия, която преминава към Румъния. От 1913 г. до 1940 г. от състава на епархията отпадат Балчишка и Добричка околии. В края на 1952 г. Варненска и Преславска епархия се състои от четири духовни околии: Варненска, Шуменска, Добричка и Провадийска. От 1 януари 1953 г. се образува Търговишка духовна околия, която излиза от състава на Шуменска.

На 23 октомври 1937 г. почива митрополит Симеон.

На 26 декември 1937 г. за Варненско Преславски митрополит е избран Йосиф, който ръководи Епархията до 1988 г.

На 26 февруари 1989 г. на овдовелия Варненски и Преславски митрополитски престол е избран митрополит Кирил.

На Четвъртия църковно-народен събор (2 – 4 юли 1997 г.) епархията получава наименованието Варненска и Великопреславска.