През втората половина на XIX век българите във Варна отбелязват възраждането на българщината в града. Отслужва се първата света Литургия на църковно-славянски език, организира се първата българска община и се открива първото българско училище.

 Макар че имали самостоятелно училище, българите продължавали да се намират под ръководството на гръцката митрополия в града. Скоро обаче те преустроили долния етаж на българското училище в църква, която нарекли "Св. Архангел Михаил". Общината наричана дотогава училищна, веднага била преименувана на църковно-училищна. Тя направила свой печат с надпис: "Българска народна черква във Варна".

 От февруари 1865 г. до 1 август в църквата "Св. Архангел Михаил" служи и свещ. Иван Громов от с. Николаевка. След това на негово място дощъл свещ. Димитър Гавраилов от Балчик, който служил до месец февруари 1866 г. До Освобождението в различно време в църквата са служили няколко свещеници, йеромонасите Дионисий и Партений от Света Гора и архимандритите Дионисий и Панарет, докато в началото на 1872 г. на постоянна енорийска служба бил назначен свещ. Иван Славов от град Търговище. Същият служи тук до смъртта си през 1896 г. На енорийска служба тук е свещ. Константин Дъновски. След пенсионирането му, той продължава да живее в една от стаите при храма до смъртта си през 1918 г.

 Църквата "Св. Архангел Михаил" е осветена на 21 ноември 1938 г. от Варненския и Преславски митрополит Йосиф, в съслужение с гостуващия му във Варна тогава Пловдивски митрополит Кирил, по-късно и патриарх Български. По време на св. Литургия Негово Високопреосвещенство митрополит Йосиф ръкополага в йеродяконски сан бъдещия Доростолски митрополит Иларион.

 Дълго време в сградата на храма се помещаваше Музеят на Възраждането. След много усилия на тогавашния председател на храм "Св. Николай", през май 2002 година, сградата на храм "Св. Архангел Михаил" и двора са върнати на Църквата.

 Днес при храма действа духовно-просветен център "Св. Архангел Михаил", който има разнообразни дейности и прояви. От създаването на центъра в него се намира най-голямата книжарница за православна литература във Варна. Провеждат се беседи по основни въпроси на православната вяра и църковния живот. Организира се курс по източно-православно пеене, иконописна школа, летни младежки форуми и пленери за деца. Центърът развива милосърдна и социална дейност.

 Адрес на храм "Св. Архангел Михаил": гр. Варна, ул.”27 юли” № 9